Jacek Magiera pierwsze piłkarskie kroki stawiał w Częstochowie, gdy reprezentował barwy tamtejszego Rakowa. Po latach spędzonych na śląsku przeniósł się do Legii Warszawa, z którą odnosił największe sukcesy. Z zespołem „Wojskowych” wywalczył m.in. mistrzostwa Polski, Puchar Polski czy Superpuchar.

Po zakończeniu kariery zawodniczej Jacek Magiera został włączony do sztabu szkoleniowego Legii, pełnił również funkcję trenera rezerw warszawskiego zespołu. W 2016 roku podpisał kontrakt z Zagłębiem Sosnowiec, które prowadził na zapleczu ekstraklasy. Po kilku miesiącach Magiera objął stery pierwszego zespołu Legii, z którą zdobył mistrzostwo Polski. „Wojskowi” pod jego wodzą występowali w rozgrywkach Ligi Mistrzów i Ligi Europy.  

Od 2 stycznia 2018 roku rozpoczął pracę w Polskim Związku Piłki Nożnej na stanowisku Zastępcy Dyrektora Sportowego ds. Rozwoju Piłki Młodzieżowej. – Jacek Magiera to mądry człowiek i trener, który bardzo dobrze zna się na piłce nożnej. Będzie kolejnym mocnym filarem w koncepcji rozwoju szkolenia PZPN oraz edukacji trenerów – mówił wówczas prezes PZPN Zbigniew Boniek. Magierze powierzono uczestnictwo w rozwoju trzech obszarów działalności związkowej: nadzór nad reprezentacjami młodzieżowymi, udział w kształceniu trenerów oraz w procesie szkolenia.

19 marca 2018 roku, podczas konferencji na PGE Narodowym w Warszawie, która była poświęcona Mistrzostwom Świata FIFA U-20 2019, Jacka Magierę zaprezentowano nowym trenerem reprezentacji Polski do lat 20.